A maintes reprises, la libre diffusion des sources a permis aux logiciels libres d'offrir le délai le plus court entre la découverte d'un trou de sécurité (commun à plusieurs systèmes d'exploitation) et sa solution sous forme de patch. A l'inverse, certaines failles de sécurité dans les logiciels propriétaires, telles que celles concernant le navigateur Internet Explorer, bien que révélées et bien connues depuis plusieurs années n'ont toujours pas été corrigées à ce jour.

L'accès aux sources permet également d'intervenir directement sur la politique sécurité des logiciels distribués. Vous pouvez ainsi vous prémunir contre les back doors (accès cachés) que les éditeurs de logiciels mettent presque systématiquement en place au coeur de leurs applications. Evidemment, encore faut-il être capable de lire et recompiler un code source, ce qui demeure pour le moins dans le domaine du possible.